それから２１年後の１１２６年（天治３年）３月２４日、清衡は中尊寺の落慶供養を行っているようです。
その後の平泉には二代基衡によって毛越寺が、基衡夫人によって観自在王院が、三代秀衡によって無量光院が建立され、奥州藤原氏は栄華を極めます。
しかし、１１８９年（文治５年）、源頼朝が奥州に攻め入り、９月３日、四代泰衡が殺害されたことにより奥州藤原氏は滅亡しました。
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『吾妻鏡』によると、１１８９年（文治５年）９月１７日、清衡以下三代が建立した堂舎などの事が記された「寺塔已下注文」（じとういげのちゅうもん）という報告書が提出されます。
それによると中尊寺は・・・
堂塔は４０余、禅坊は３００余。
清衡が奥六郡の管理を初めて最初に建てられた寺で、白川の関（福島県白河市）から外の浜（青森市）までの道に一町（約１０９m）ごとに、面に金色の阿弥陀像が描かれた笠塔婆を建て、その中央を計り、その山の上に塔を建てた。
寺院の中央には多宝寺があって、釈迦如来と多宝如来を安置。
塔と多宝寺の中間に道を通して関所を置き、旅人の往来の道とした。
釈迦堂には、百余体の釈迦如来像を祀った。
両界堂の仏像は木造で金色。
二階大堂（大長寿院）は、高さは五丈、本尊は三丈の金色阿弥陀仏、脇立の九体の阿弥陀仏は丈六。
金色堂は、建物全てが金色で、堂内には三つの壇があって全て螺鈿で飾られ、阿弥陀三尊、二天、六地蔵は定朝の作。
鎮守は、南に日吉社を崇敬し、北に白山宮を勧請。
その他、宋の一切経を納める経蔵など・・・
清衡は、延暦寺、園城寺、東大寺、興福寺など国内の寺から、中国の天台山まで、寺毎に千僧供養を行った。
（※千僧供養とは、千人の僧を招いて食事を提供し、法会を営むこと。）
そして、死に臨んでは、極楽往生を願う「逆修」を始め、百日目に当たる日に、病気でもないのに、合唱し、念仏と唱えながら、眠るが如く眼を閉じた。
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『吾妻鏡』によると、奥州藤原氏の滅亡後、中尊寺をはじめとする寺々について源頼朝は、その維持についての命令書を出していました。
しかし、１２１０年（承元４年）５月２５日の条では、寺塔が年月を経て崩壊し、年貢が途絶え、寺僧が嘆いていることが記され、大江広元が奉行となって元のように年貢を送るよう、寺領の地頭に命令を下しています。
その後も鎌倉幕府は、平泉の寺々の修理を地頭に命じていましたが、清衡の建てた中尊寺は、１３３７年（建武４年）に金色堂を残してほぼ全焼してしまいます。
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